Oficiálně působí Komise jako orgán zcela nezávislý na národních vládách. Na stejné bázi fungoval již Vysoký úřad založený státy Evropského společenství uhlí a oceli (ESUO). V článku 10 Smlouvy o založení ESUO se jasně píše, že člen Vysokého úřadu nesmí přijímat ani vyhledávat instrukce od vlády či jakéhokoliv jiného orgánu. Státy se svým podpisem zavázaly tento princip dodržovat a respektovat. Později byl převzat i pro ostatní smlouvy, které definovaly podobu komise Evropských společenství, později Evropské unie. Nejnověji se v Lisabonské smlouvě v čl. 17. odst. 3 o nezávislosti Komise píše: „Členové Komise jsou vybíráni podle způsobilosti a evropanství z osob, které poskytují veškeré záruky nezávislosti. Komise vykonává své funkce zcela nezávisle. Aniž je dotčen čl. 18. odst. 2, členové Komise nevyžadují ani nepřijímají pokyny od žádné vlády, orgánu, instituce, ani jiného subjektu. Zdrží se jakéhokoli jednání neslučitelného s povahou své funkce nebo plněním svých úkolů.“

V Komisi dále funguje tzv. Kodex chování komisařů, který obsahuje mnoho omezení a definuje očekávané chování ve funkci komisaře. Ten se například nesmí angažovat v žádné jiné profesní činnosti, placené ani neplacené, a ani nemůže psát placené odborné články. Pro zachování nezávislosti Komise není komisařům povolen ani veřejný výstup, ve kterém by podporovali konkrétní politickou stranu, mohou v ní však zůstat a působit. O své činnosti musejí informovat Komisi i po skončení svého funkčního období. Jakékoli jednání, které by mohlo být v konfliktu zájmů, kodex samozřejmě zcela vylučuje.

Skutečné chování a jeho formální definice se od sebe samozřejmě mohou lišit a často i liší. Komisaře přece jen nominují národní vlády a příklon ke své zemi potvrzují z praxe i politici působící na evropské úrovni. Každý komisař zodpovídá za oblast, za kterou byl zvolen, a ovlivňuje v ní politiku celé Evropské unie. Jako občan určitého státu však sdílí pohled své země na danou oblast a národní faktor v chování komisaře nelze pominout. Tento trend potvrzují i některé studie (např. Semin Suvarierol - "Beyond the Myth of Nationality: Analysing Networks within the European Commission" nebo Holger Döring - "The Composition of the College of Commissioners: Patterns of Delegation"). A protože v Evropské komisi usedá za každý stát pouze jeden komisař, naskytuje se i menším a středně velkým státům možnost zisku silnějšího portfolia. Jako příklad lze uvést Litvu, která si vždy vyjednala ekonomické portfolio a brzy vstoupí do eurozóny. Mezi další zajímavé portfolio, které drží v rukou „slabší stát“, lze zařadit například i zemědělství, kde působí rumunský komisař Dacian Cioloş. O zemědělství má nyní zájem například Španělsko, které chce usilovat i o další silná portfolia. Aby menší státy získaly vlivnější portfolio, musejí nabídnout přesvědčivé důvody (viz litevská touha přijmout euro).

V čem však může pomoci České republice? Formálně nemají komisaři žádnou rozhodovací pravomoc, neboť Komise přijímá rozhodnutí jako celek. Komise ale může pověřit komisaře přijmout určité opatření jejím jménem. Způsob, jakým to udělá, pak závisí na jeho rozhodnutí. Komisař příslušný danému portfoliu také disponuje informacemi o přípravách nových zákonů spadajících pod jeho působnost a žádné nařízení mu komunikaci s vládou svého státu nezakáže. Kromě toho také výběr vhodného a úspěšného komisaře může pomoci zlepšit Česku jeho současné postavení v rámci EU a vnímání ostatními členskými státy.

Proto zisk zajímavého portfolia může pomoci českému zájmu, neboť státy s lepší pozicí mohou získat zprávy z vybrané oblasti. Komisař kromě informací také silně ovlivňuje politiku své domény a ten český by pravděpodobně volil takový směr, který by vyhovoval specifikům a postojům České republiky (například jako tranzitní zemi). Zde hraje klíčovou roli sestavení kabinetu, který dává svému komisaři politické vedení. Na rozdíl od generálních ředitelství, která vydávají spíše technické pokyny. Jeho sestavení podmiňují čtyři základní pravidla:

-          Kabinet může mít pouze šest členů

-          Alespoň dva členové kabinetu musejí být ženy

-          Maximálně tři členové mohou být stejné národnosti jako komisař

-          Celková kompozice musí reflektovat rozmanitost Evropské unie

A právě z těchto důvodů je pro Českou republiku důležité vybrat bez zbytečných průtahů silného kandidáta s šancí obsadit silné portfolio. Již dnes se spekuluje o tom, že některé státy s tradičně silným portfoliem získají tentokrát slabé právě kvůli své nejednotnosti (např. Belgie, která v současné době má obchod). Naopak třeba Finsko zřejmě může pomýšlet na zajímavou oblast, neboť brzy nominovalo Jyrkiho Katainena, který odstoupil z premiérského křesla a ještě před ustavením nové Komise přebral po Ollim Rehnovi zodpovědnost za hospodářské a měnové záležitosti a euro. Za pomalý výběr byla již česká vláda opakovaně kritizována.

Martin Roháček působí jako spolupracovník think-tanku Evropské hodnoty.